เมื่อวันที่  9 กรกฎาคม 2542  ฯพณฯ บรรหาร  ศิลปอาชา นายกรัฐมนตรี หัวหน้าพรรคชาติไทย พร้อมด้วยสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรจังหวัดชลบุรีทำการสำรวจพื้นที่วิทยาลัยพลศึกษา เพื่อดำเนินการจัดตั้งโรงเรียนกีฬาจังหวัดชลบุรี ในปีการศึกษา 2542 อาศัยอำนาจตามมาตรา 25 แห่งพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม พ.ศ.2531 และมติคณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ 5 มกราคม 2536 ตามหนังสือสำนักเลขาธิการรัฐมนตรี ที่ นร 0202/15568 ลงวันที่ 8 ตุลาคม 2536 ประกาศตั้งโรงเรียนกีฬาจังหวัดชลบุรี เมื่อวันที่ 19 สิงหาคม 2542 ลงนามโดย นายสมศักดิ์  ปริศนานันทกุล  รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ และดำเนินการเรียนการสอนในปีการศึกษา 2543 เป็นต้นไป

โรงเรียนกีฬาจังหวัดชลบุรี เริ่มดำเนินโครงการระยะแรก นายวิบูลย์  มณีฉาย ผู้อำนวยการศูนย์พลศึกษาและกีฬาจังหวัดชลบุรี อนุญาตให้ใช้อาคารของศูนย์พลศึกษาและกีฬาจังหวัดชลบุรี ป็นอาคาร สำนักงานชั่วคราวและได้ปรับปรุงชั้น3ของอาคารเพื่อจัดเป็นหอพักให้แก่นักเรียนและชั้น1เป็นสำนักงานชั่วคราวพร้อมบริเวณโดยรอบของอาคารศูนย์พลศึกษาและกีฬาจังหวัดชลบุรโดยได้รับความร่วมมือและสนับสนุนในการประสานงานด้านบุคลากร อาคาร และสถานที่ จากนายวิชัย ศรีตะปัญญะ  ผู้อำนวยการ วิทยาลัยพลศึกษาจังหวัดชลบุรี  โดยนักเรียนเดินทางไปเรียนวิชาสามัญตามหลักสูตรกระทรวงศึกษาธิการ ในระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนต้นในโรงเรียนร่วมโครงการที่โรงเรียนชลบุรี  “สุขบท” โดยมีนายภุชงค์   บุณยรัตนสุนทร เป็นผู้อำนวยการ ต่อมาเมื่อวันที่ 31 สิงหาคม 2542  กรมพลศึกษาได้มีคำสั่งที่ 1453/2542  แต่งตั้งให้ นายธนิต พันธุมะโอภาส  อาจารย์ 2 ระดับ 7 วิทยาลัยพลศึกษาจังหวัดชลบุรี มาปฏิบัติหน้าที่ผู้อำนวยการโครงการ จัดตั้งโรงเรียนกีฬาจังหวัดชลบุรี และให้ประสานงานขอความร่วมมือกับวิทยาลัยพลศึกษากรุงเทพ วิทยาลัยพลศึกษาจังหวัดอุดรธานี วิทยาลัยพลศึกษาจังหวัดชลบุรี และโรงเรียนกีฬาจังหวัดนครศรีธรรมราช ด้านบุคลากรในระยะแรก โดยได้รับความร่วมมือและสนับสนุนด้านบุคลากรอาคาร และสถานที่จากนายวิชัย  ศรีตะปัญญะ  ผู้อำนวยการวิทยาลัยพลศึกษาจังหวัดชลบุรี นอกจากนี้ยังได้รับการสนับสนุนจาก ฯพณฯ สนธยา  คุณปลื้ม  รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงคมนาคมในขณะนั้น นายวิทยา  คุณปลื้ม สมาชิกสภาผู้แทนราษฎรจังหวัดชลบุรี  นายสุจริต  ปัจฉิมนันท์ ผู้ว่าราชการจังหวัดชลบุรี นายภิญโญ  ตั๊นวิเศษ  นายกองค์การบริหารส่วนจังหวัดชลบุรีและนายสมชาย  คุณปลื้ม  นายกเทศมนตรีเทศบาลตำบลแสนสุข ต่อมา กรมพลศึกษา ได้แต่งตั้งให้ข้าราชการครูปฏิบัติหน้าที่ผู้อำนวยการโครงการจัดตั้ง โรงเรียนกีฬาจังหวัดชลบุรี คือ นายธนิต  พันธุมะโอภาส ตำแหน่ง อาจารย์ 2 ระดับ 7 วิทยาลัยพลศึกษาจังหวัดชลบุรี ปฏิบัติหน้าที่ผู้อำนวยการโครงการจัดตั้งโรงเรียนกีฬาจังหวัดชลบุรี เป็นคนแรก และแต่งตั้งให้

1.  นายประกาศิต ทองอินศรี อาจารย์ 2 ระดับ 6 วิทยาลัยพลศึกษากรุงเทพ

2.  นายปัญญา  สมบัตินิมิตร  อาจารย์ 2 ระดับ 6 วิทยาลัยพลศึกษากรุงเทพ

3.  ว่าที่ ร.ต.ศักดิ์ชัย  ธิตะจารี อาจารย์ 2 ระดับ 6 วิทยาลัยพลศึกษาจังหวัดชลบุรี มาปฏิบัติหน้าที่ผู้ช่วยผู้อำนวยการโครงการจัดตั้งโรงเรียนกีฬาจังหวัดชลบุรี

และบุคลากรของวิทยาลัยพลศึกษาจังหวัดชลบุรี ที่ร่วมดำเนินการโครงการจัดตั้งโรงเรียนกีฬาจังหวัดชลบุรี มีดังต่อไปนี้

1.  นายวิชัย   ศรีตะปัญญะ       ผู้อำนวยการวิทยาลัยพลศึกษาจังหวัดชลบุรี
2.  นายณรงค์            คำหงส์                ผู้ช่วยผู้อำนวยการวิทยาลัยพลศึกษาจังหวัดชลบุรี
3.  นายสมชาย          ประเสริฐศรี        ผู้ช่วยผู้อำนวยการวิทยาลัยพลศึกษาจังหวัดชลบุรี
4.  นายวุฒิชัย            จิตต์ศิริ                ผู้ฝึกสอนกีฬาฟุตบอล
5.  นายศุภศิษฐ์         ชัยสาร                 ผู้ฝึกสอนกีฬามวยไทย-มวยสากล
6.  นางสาวประภาพร  ตรีรัตน์           งานการเงินและบัญชี
7.  นางอัมพร            อ่อนทะศรี            งานสารบรรณ
8.  นายสุปัด              ทองอินทร์               งานทะเบียนและวัดผล
9.  นางสุมณฑา        ศาสตร์สูงเนิน         งานพัสดุ
10. นางปราณี           ประสงค์เงิน            งานพยาบาล

กรมพลศึกษา มอบหมายให้โรงเรียนกีฬาจังหวัดชลบุรี ดำเนินการรับสมัครนักเรียนเพื่อเข้าเรียนในโรงเรียนกีฬาจังหวัดชลบุรี ตั้งแต่ปีการศึกษา 2543 ถึงปัจจุบัน ในระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนต้น และตอนปลาย โดยเปิดการเรียนการสอนและฝึกกีฬา 6 ชนิด ได้แก่ กรีฑา, เซปักตะกร้อ, ฟุตบอล,  มวยไทย,  มวยสากล และยกน้ำหนัก                   
ปัจจุบันบริหารงานโดยนายปรีชา   ศรีเขียวพงษ์   เริ่มตั้งแต่วันที่ 1 ตุลาคม 2547 เป็นต้นมาจัดการเรียนการสอนกีฬาเพื่อความเป็นเลิศ 5 ชนิดกีฬา คือ กรีฑา, เซปักตะกร้อ, ฟุตบอล,  ยกน้ำหนัก           
และยูโด